A Santa Casa da Misericórdia do Funchal (SCMF) foi instituída pela Carta de Lei de 27 de julho de 1508.
O Rei D. Manuel, após a instituição da Confraria da Misericórdia do Funchal, por provisão de 18 de setembro de 1514, entregou-lhe o hospital criado na freguesia de Santa Maria Maior.
Em 1685, foi aforado um terreno localizado na Sé para ser construído um edifício que satifazasse as necessidades da Misericórdia do Funchal. A partir dessa data e durante 240 anos, estiveram instalados no antigo edifício de Santa Isabel, os serviços hospitalares da Misericórdia do Funchal.
Desde 1514 até ao último quartel do século XX, foi nessa atividade hospitalar que a Santa Casa centrou a sua ação. No início do século XVIII, o Hospital de Santa Isabel funcionava junto da SCMF, foi considerado um dos melhores do seu género pela qualidade das suas instalações e pelo serviço hospitalar que prestava anualmente a cerca de 600 doentes.